中医科于1956年设立,是上海市最早在综合性医院中设置中医科的二级医院,由清代名医恽铁憔的学生顾雨时创建并任中医科主任。在市卫生局中医处的关心、支持下,80年代初医院成立了中西医结合研究室,由周寿祥教授筹建,1984年余永敏任研究室主任,在心脑血管、舌诊方面的研究成果显著。《光波光图法舌象仪研制及临床应用》获国家中医药管理局科技进步三等奖,《中药抗栓一号治疗出血性卒中的临床研究》获黄浦区科技项目实施一等奖。1999年中医科被上海市卫生局批准为综合性医院示范中医科,2001年成为同济大学附属东方医院,2001年中医脂肪肝专科被列入上海市中医特色专科之一;2005年中医脑血管病专科被列入浦东新区优势领先学科,2008年中医冠心病专科被列入浦东新区中医首批特色专科项目。2010年底医院晋升为三级甲等医院。
中医科内含中医内科、针灸科、中医脂肪肝专科及中医病房,共有医师11人,其中主任医师2人,副主任医师4人,主治医师5人。博士2名,硕士1名,在读硕士3名,本科2名。同济大学副教授1名,讲师1名。上海中医药大学兼职教授2名,兼职副教授2名。
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